HPLC系統經常被檢查到的缺陷主要是：
1、HPLC確認沒有年度確認計劃中沒有體現或者沒有做確認或者做的項目不全、不合適。
2、HPLC的沒有納入公司的儀器臺賬中。
3、HPLC的使用、維護沒有SOP或者沒有使用、維護記錄，或者記錄填寫不合適。
3、HPLC系統色譜數據處理軟件的安全性存在問題。
4、沒有色譜柱的使用記錄。
5、檢測時沒有做系統適用性試驗或者做了但是方法不合適。
6、液相用標準品（對照品）或者工作標準品的管理和使用存在缺陷。
下面逐條進行分析并采取應對措施：
1、對于新購買的液相色譜儀，應該有URS（可以和廠家共同完成）；到貨后應該進行3Q確認（IQ\OQ\PQ)，如果實際工作中采用的方法和廠家的方法不同，也可以只做IQ和OQ，等制定好檢驗SOP后再做PQ。FDA檢查員對中國計量的檢定是不認可的，所以HPLC的3Q確認是必須做和到期后做再確認的。一般HPLC3Q確認周期為一年，而HPLC強制檢定周期為2年。
2、不管是新的或者是已有的HPLC，必須納入公司的QC儀器設備管理中。
3、在QC的儀器設備年度確認計劃中必須有每臺HPLC的確認計劃和確認方案。HPLC的確認方案應該制定的詳細合理。這里確認和檢定是*不同的兩個概念，不能混淆，更不能互相代替。FDA的審計人員是指認可HPLC確認的。
4、HPLC應該有使用SOP、維護SOP，并有相應的使用記錄、維護記錄。我們做的差的是沒有維護SOP和記錄，或者有但是執行和記錄不合適。舉個例子，如果你的HPLC的某一部件進行了更換，應該記錄更換的詳細操作過程，而不是只填寫“已更換"。如果更換了關鍵部件，還要做變更管理，甚至做HPLC的確認。至于哪些是關鍵部件，是按照風險評估出來的。
5、HPLC的權限管理：使用的計算機應該設有開機密碼的，屏幕保護也建議設密碼。國產HPLC使用的色譜軟件有使用權限管理的非常少，所以無法設定化驗員和QC主管的權限，這樣HPLC的參數設置和圖譜就存在被誤刪或者更改的風險。國外的的HPLC在這方面做得比較好。
6、審計追蹤功能：FDA的cGMP要求色譜軟件具有審計追蹤功能，并且在檢測時使用，這樣可以防止通過修改計算機的時間等方式造假。國產的HPLC的色譜軟件沒有審計追蹤功能，這本身就是缺陷，為造假提供了可能。尤其是在做分析方法驗證和HPLC的3Q確認時，國產的HPLC的色譜圖的保留時間和峰面積的重現性不好，有的圖譜和數據是不能使用的。
7、積分參數：對于一個分析方法，積分參數應該是分析方法的一部分，寫在方法中。如規定峰寬是多少，斜率是多少，zui小峰面積是多少。一但確定下來，就不能再改動了，因為再改動的話，對定性和定量會有影響，得到的峰的個數和面積或者zui終的含量結果會改變的。并且對你的結果的趨勢分析和產品質量回顧和實際生產操作和產品質量造成人為地誤導。
8、結果計算：有的色譜軟件可以進行計算，或者用EXCEL進行計算，但是有時候或者計算機人工計算所得結果不同，甚至會造成OOS、OOT。原因就是每個數據的有效位數可能不同、在計算過程和zui終結果確定造成了不一致。FDA檢查員會按照計算計算公式用計算器進行計算的，這點應該引起重視。
9、系統適用性：這是在檢測開始時必須要做的，只有系統適用性試驗通過了，才能證明你的HPLC可以投入檢測，否則，就要對流動相等進行適當的調整，重新做系統適用性試驗。如果系統適用性試驗不合格，還應該查找HPLC的硬件是否出現了故障。
10、色譜柱的使用記錄，每次都要做，因為色譜柱是分離的核心，是HPLCzui重要的部分。
11、對照品溶液和供試品溶液的制備：通常是都對照品、供試品分別稱量2份，每份進2針，計算結果。
12、使用的標準品（對照品）、工作標準品，都要有使用記錄，做到賬物相符。
13、HPLC檢測相關記錄：如流動相的制備記錄和批號，所用試劑的臺賬、分析天平的的校準、使用記錄等，相關記錄都要齊全。
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